無菌室也稱接種室，是系統接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環(huán)境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。

供試品表面，如為安瓿先用砂輪劃痕后用2%碘酒棉球擦拭，再用75%乙醇棉球擦拭、待干，也可以用液浸泡。

注射器如需回抽時，應對著火焰吸入無菌空氣。

在無菌操作中切勿大幅度或快速動作、拖行，以免攪動空氣中塵埃微粒。

所用的器材如培養(yǎng)基、稀釋劑配制后經濕熱121℃30分鐘，吸管培養(yǎng)皿等均應洗滌，干燥，包扎后經干熱160℃2小時才能使用。

實驗室布局按照要求合理地劃分成清潔區(qū)、半污染區(qū)和污染區(qū)，采用人與物分別設置專用通道，設置必要的緩沖間，采用一次隔離和二次隔離等措施，能有效的避免交叉污染，從根本上防止危險性微生物的擴散;實驗室裝修采用可靠的材料，合理的施工措施，保證潔凈實驗室-生物實驗室始終處于相對密封的環(huán)境，防止微生物的外逸，易于實驗室的清潔，同時避免外部對實驗室環(huán)境的破壞。

由于潔凈實驗室-生物實驗室內操作對象是危險性的微生物，對人體、動植物或環(huán)境具有危害，必須通過采用合理的空氣調節(jié)系統，保持潔凈實驗室-生物實驗室的相對負壓環(huán)境無論何時都不被破壞，以保證實驗室內危險性微生物不能向外部環(huán)境中擴散。