在無菌車間中，使空間內(nèi)達到無菌要求，就是室內(nèi)環(huán)境控制的重點。控制微生物的生長、殺滅或去除微生物的方法通常有兩種，一種為化學(xué)類，另一種為物理類。其中，化學(xué)方法有化學(xué)劑、氣化雙氧水、臭氧和環(huán)氧乙烷等;物理方法有濕熱或干熱、輻射和過濾等。

無菌車間又叫無菌室，它的要求更高，除了按潔凈室要求處理空氣中微粒外，還需要對室內(nèi)空氣進行處理，即同時要去除生物污染源，對室檢查還需要對室內(nèi)空氣采樣培養(yǎng)，以杜絕感染源。醫(yī)院手術(shù)室、血液透析室、藥品及三類一次性醫(yī)療用品生產(chǎn)都要求使用無菌室；但是檢測時需要檢測浮游菌、沉降菌等菌落數(shù)。

無菌潔凈車間的內(nèi)部裝修要求房間圍護結(jié)構(gòu)的空氣密封性好，房內(nèi)無衛(wèi)生死角，裝修材料表面光潔但不反光、耐壓力而不起塵、易于清潔、不易發(fā)生霉變和長菌、能夠適應(yīng)各種劑和氣體熏蒸的腐蝕和紫外線照射。

無塵無菌車間內(nèi)空氣的流動有兩種情況：一種是層流的(即室內(nèi)一切懸浮粒子都保持在層流層中運動);另一種是非層流的(即室內(nèi)空氣的流動是紊流的)。裝有一般空調(diào)系統(tǒng)的潔凈室，室內(nèi)空氣的流動屬于非層流(紊流)，既可使空氣中夾帶的混懸粒子迅速混合，也可使室內(nèi)靜止的微粒重新飛揚，部分空氣還可出現(xiàn)停滯狀態(tài)。