黑豚鼠擁有黑色的耳朵、黑色的眼睛、黑色的腳趾、油光發(fā)亮的黑色毛皮，它身形短粗、頭圓大、頸短、無尾、耳朵和四肢短小、眼睛明亮，耳殼薄而血管鮮紅明顯，上唇分裂。門齒呈弓形深入頜部，咀嚼面銳利， 能終身生長。當咬合不正時，門齒臼齒會過度生長。黑豚鼠嚼肌發(fā)達。前肢有四趾，后肢有三趾，每趾都有突起的大趾甲，趾上的爪短而銳利，不抓人，不善攀登和跳躍。腳形似豚，體長225～355mm。被毛緊貼體表。

黑豚鼠的嗅覺靈敏，常以嗅覺辨認異性和棲息領(lǐng)域，母豚鼠通過嗅覺來識別異窩仔。養(yǎng)戶人員利用黑豚鼠的這種特性，在黑豚鼠仔需要并窩或需寄養(yǎng)時，采用特殊的方法使其辨別不清（如在剛出生的仔身上少量涂一點香水，母豚鼠就會給異窩幼豚鼠喂奶），從而使并窩或寄養(yǎng)獲得成功。

黑豚鼠聽覺非常發(fā)達，能識別多種不同的聲音，它聽到的音域遠大于人。當有尖銳的聲音刺激時，常表現(xiàn)為耳廓微動以應(yīng)答，即聽覺耳動反射。聽覺耳動反射減弱或缺失是聽覺機能很好的表現(xiàn)。

豚鼠的體形在嚙齒類動物中偏大，體重在700～1200克（1.5～2.5磅）之間，體長在20～25厘米（8～10英寸）之間。身材短小但是強壯有力，頭較大，是身體的三分之一，眼睛大而圓，耳朵短小貼著頭部，毛發(fā)粗糙而且很容易脫落，沒有尾巴。豚鼠脊柱由36塊脊椎骨組成，其中頸椎7枚、胸椎13枚、腰椎6枚、薦椎4枚、尾椎6枚。肋骨13對，其中6對真肋、3對假肋、4對浮肋。前腳平直而強健有力，一般都會有4個趾頭，每個趾頭上都有尖利的爪；后腳有3個有爪的腳趾，而且都比較長。豚鼠靠腳底走路，行走時腳跟著地。